ものすごく今更ですが、IIJ FiberAccess/NFでDS-Liteしている性か否かUbuntuでapt-getするとIPv6側を見に行って、しかもタイムアウトするようになったので無効に（というか、昔もしていた気がするのですが無効オプションがコメントアウトになってました）しました。
$ sudo vi /etc/sysctl.conf net.ipv6.conf.all.disable_ipv6 = 1 net.ipv6.conf.default.disable_ipv6 = 1 $ sudo sysctl -p
無事無効になった模様。。。
(2017.06.30追記)
無効にはなるけど再起動すると戻るようになった（16.04。14.04では無効のままだった気がする。NetworkManagerでやってたせい？）
Network ManagerでIPv6無効にした方が安全っぽい
